A törékeny, fellegekben járó Ágnes nővér a zárdában hozza világra gyermekét, majd megfojtja a kicsit, de tagadja, hogy tudna bármilyen kisbabáról. Ágnesnek hallucinációi vannak, mélyen vallásos, állítása szerint Isten parancsára cselekszik. A gyermek halála miatt a rendőrséget is bevonják az ügybe, pszichiátert is küldenek a zárdába, hogy megállapítsa, zavart elméjű-e Ágnes. Dr. Martha Livingston elszánt küzdelmet folytat azért, hogy Ágnes megértse a világot, és előkerüljenek a bűnösök.