Yoon Kuk Lee Dél-Koreában született és nevelkedett, korai zenei képzését édesanyjától kapta. Tizenhárom éves volt, amikor családjával kivándorolt Amerikába. A középiskolát New Yorkban végezte, majd a Williams College-be iratkozott be, ahol filozófiát hallgatott. 1976-ban filozófiai és zenetanulmányait summa cum laude minősítéssel fejezte be, majd Ausztriába utazott, ahol a Salzburg Mozarteum Zeneegyetemen elkezdte karmesteri és zeneszerzői tanulmányait, méghozzá olyan neves tanárok keze alatt, mint Végh Sándor, Nikolaus Harnoncourt vagy Herbert von Karajan. Lee egyik első zeneszerzői sikere 1982-re tehető, amikor elnyerte az Osztrák Közszolgálati Rádió és Televízió (ORF) rádióversenyének legmagasabb díját, amely után nyilvános koncertek és rádióközvetítések következtek. Néhány évvel később Lee elfogadott egy tanári állást a salzburgi Mozarteum Zeneegyetemen, ahol jelenleg is dolgozik.
1987 óta vendégkarmesterként fellépett már az Ukrán Nemzeti Szimfonikus Zenekarral, a Szentpétervári Cameratával, a koreai KBS Szimfonikus Zenekarral, a Szöuli Filharmonikusokkal, a Litván Kamarazenekarral, a Szaloniki Nemzeti Szimfonikusokkal, a Koreai Kamarazenekarral, a Bukaresti Enesco Filharmonikusokkal, a Finlandia Szimfonikusokkal, a Koreai Szimfonikus Zenekarral, a Prágai Rádió Szimfonikus Zenekarával is. 1999-től a bécsi Osztrák-Koreai Filharmonikusok művészeti igazgatója, 2002-től pedig az Echternachi Nemzetközi Fesztivál (Luxemburg) kamarazenekarának főkarmestereként dolgozott. 2008-tól az újonnan alapított, Szegeden megrendezésre kerülő Szent Gellért Fesztivál zenei igazgatója.