Sean Baker akaratán kívül egy Guyver nevű földönkívüli biopáncél gazdája lesz, amely különleges tulajdonságokat kölcsönöz neki. Az idegen fegyver segítségségével Sean megkezdi harcát a hüllőszerű lények ellen melyeket Zoanoidoknak hívnak. A Harc tovább folytatódik, mikor egy régészeti ásatás közben rábukkan egy ősi idegen űrhajóra, ami eredetileg a Zoanoidokat a földre szálította. A kormányzati ügynökök és a Chronos vállalat mutánsai folytatják együttműködésüket a Zoanoidok biomechanikus technológiájáért. Mindkét fél abban reménykedik, hogy fontos földönkívüli tárgyakat találnak az ásatáson, és esetleg fényt deríthetnek a Guyver erejének forrására is.