Kong visszatért, és erősebb, mint valaha. A hatalmas emberszabású majom, akit King Kong és ember "testvére" Jason génjeinek segítségével támasztottak fel, saját királyságának ura. Egy sötét, ősi jóslat következtében az elveszett Atlantisz valaha elsüllyedt szigete azonban ismét a felszínre emelkedik, és gonosz királynőjének egyetlen vágya, hogy Kong: Atlantis királya legyen ismét. A bátor Jason és vakmerő barátai azonban szembeszállnak az uralkodónővel. Küzdelmük során óriási állat-harcosokkal, titokzatos csapdákkal és lázadókkal kerülnek szembe. Jasonnek a csaták hevében kell megpróbálnia egy különleges eszköz segítségével egyesülnie Konggal, mert csak így menthetik meg a szigetet és magát Kongot.