Robert Ludlum regényének nem ez volt az első adaptációja. Már 1988-ban is forgattak belőle filmet. Az ugyanezen a címen - de kötőjel nélkül - futó kétrészes tévéfilmben a főszerepet Richard Chamberlain alakította, akkor 54 évesen, vagyis kicsit más volt az alapkoncepció. A Bourne-rejtély (2002) címszerepére Brad Pitt, Matthew McConaughey, Sylvester Stallone és Russell Crowe is esélyesek voltak. Matt Damonra végül pont azért esett a választás, mert az alábbi színészekkel ellentétben őt nem az akciófilmekkel azonosították a nézők.

Az eredeti felállásban Jason Bourne valóban idősebb férfi, tehát a Chamberlain-verzió közelebb áll a Ludlum regényhez, csakhogy Doug Liman nem ebbe az irányba ment el. A Tony Gilroy és W. Blake Herron forgatókönyvíró párost eleve arra kérte, hogy ne a könyvből dolgozzon, hanem abból a „kivonatból”, amit ő készített a saját ízlése szerint. Maga Matt Damon is meglepődött, amikor végül felkérést kapott, mert ismerte a regényt, és azt gondolta, egy idősebb színészt keresnek a címszerepre.

Liman aztán elmagyarázta, hogy nem a saját James Bond-filmjét akarja megcsinálni, sokkal inkább valami olyasmit, mint amilyen a Luc Besson-féle Nikita volt.

– mesélte később Damon.

Nem csupán Besson nagyszerű Nikitája (1990) szolgált az első Bourne-film viszonyítási pontjaként, hanem a Tom Tykwer írta és rendezte német A lé meg a Lola (1998 ) is. Ennek köszönhette Franka Potente, hogy megkapta a női főszerepet, mert az eredeti forgatókönyvben Bond partnere egy amerikai lány lett volna - első körben a kanadai Sarah Polley-t választották Marie szerepére -, de Liman végül sikeresen kiharcolta, hogy Potentét válasszák.

Robert Ludlum a Bourne név egy bizonyos Ansel Bourne-tól, egy Rhode Island-i prédikátortól kölcsönözte, aki az ún. a „disszociatív fúga” első dokumentált esetét produkálta. Ez az állapot a disszociatív amnéziához vagy a disszociatív identitászavarhoz hasonló (többszörös személyiségzavar).

Mr. Bourne 1887-ben egy napon elfelejtette, ki is ő, új életet kezdett Pennsylvaniában Brown néven, és kisboltot nyitott.

Körülbelül három hónappal később amikor felébredt, újra tudta, hogy ő Ansel Bourne, viszont teljesen kitörlődött belőle új személyisége, és az egész Brown-epizódot elfelejtette. Nyilván eléggé meglepődött, hogy mit keres Pennsylvaniában.

Noha azóta már számos akciófilmet dirigált (Mr. És Ms. Smith, Hipervándor, A holnap határa), Doug Liman A Bourne-rejtély idején még újonc volt ebben a zsánerben: a független filmek felől érkezve (Bárbarátok, Nyomás!) egészen más volt a hozzáállása, mint egy rutinos akciófilm-rendezőnek, és Matt Damon is ekkor debütált, mint akcióhős. A Universalnál azonban nem voltak elragadtatva, több akciót akartak, így Tony Gilroy és Liman rendre átírták a forgatókönyvet – nem ok nélkül tolták hát el a film bemutatóját 2001 szeptemberéről 2002 júniusára. Frank Marshall producer is állandóan jelen volt a forgatáson, és egy idő után néhány jelenetet már ő rendezett. A legnagyobb konfliktus a Bourne utolsó harmada körül zajlott, különösen a farmházas résznél: a Universal meg akarta vágni, ám Damon és Liman szerint ez a rész fontos szerepet játszott a címszereplő személyiségének megértéséhez, és csak nehezen találtak kompromisszumos megoldást. A film sikeres lett, elindított egy hihetetlenül népszerű franchise-t, amelyből még az új James Bond-filmek is bevallottan kölcsönöztek.

A csúszás persze nem csak ennek volt köszönhető: eredetileg 2001. szeptemberében mutatták volna be a filmet, azonban a terrortámadások miatt a bemutató időpontja 2002. május 31-re tolódott. Végül ezt is megváltoztatták 2002. június 14-re, mivel a Universal nem szerette volna, hogy filmjük a Szilaj, a vad völgy paripája című animációs mesével egy hétvégén debütáljon, melyben az egyik szereplőnek Matt Damon kölcsönözte a hangját.

Az újraforgatott jelenetek és néhány alkotói vita miatt a film 8 millió dollárral túllépte az eredeti, 60 millió dolláros költségvetést. Bár a film hatalmas siker lett, a fent említett alkotói viták miatt a stúdió - amely akadékoskodása miatt a problémák kialakultak - a további részek rendezésére már nem Doug Limant kérte fel, hanem Paul Greengrass vette át a produkciót.

Doug Liman azt akarta, hogy az operatőr mindig egy kicsit elkésve mozgassa a kamerát, és ezzel egy élt adjon a látványnak. Ezt úgy érte el, hogy nem engedte, hogy a kameraman, aki cselekménnyel is csak nagy vonalakban volt tisztában, megnézze a próbákat, így sosem tudta, melyik karakter szólal meg legközelebb vagy mit fog pontosan csinálni, ezért mindig egy nagyon picit le volt maradva a történésekről – akárcsak maga a néző – és ez adott egy jó adag kiszámíthatatlanságot a cselekménynek. Máskor maga Liman kezelte a kamerát, ha úgy érezte, hogy az adott jelenet egy elmélyültebb tudást követel meg a történetet illetően.

Clive Owen nagyjából 3 percig látható a filmben, és a 85. perc környékén szólal meg először, az utolsó jelenetében. A színész így emlékezett vissza a szerepére: "Felvettem egy szemüveget és produkáltam magam a kamerák előtt." Ehhez képes szemérmetlenül magas összeget kért és kapott a szereplésért.

A rendező döntése volt, hogy a filmben senki nem dohányzik. Ezt fontos társadalmi példamutatásnak szánta, és nem véletlen az sem, hogy az egész Bourne-sorozat kifejezetten káromkodásmentes. Ha minden igaz, alkoholt se nagyon fogyasztanak a Bourne-filmekben – Jason Bourne egész biztosan nem.