A kőtár a földszinten, a múzeum keresztirányú folyosóinak találkozásánál kapott helyet azon az útvonalon, amelyik az emeleti kiállító helyiségekből az udvar alatt megépített római lapidáriumba vezet. A kiállítás a gyűjteményi anyagnak megfelelően két részre tagolódik: az építészeti emlékekre és a sírkövekre. Építészeti emlékek A kiállítás elején az 1870-es években készült vajdahunyadi kaputimpanon másolat szerepel. A tárlaton helyet kapott a székesfehérvári királyi bazilika 1862-es ásatásán talált pillérfő töredék, Györgyi Bodó Miklós prépost címerével díszített teljes kaputimpanon és két, évszámos török építési felirat, melyek a budai és a székesfehérvári várfalak erődítési munkálatainak állítottak emléket. Sírkövek A múzeum sírkőgyűjteményéből válogató kiállítás a XIII. századtól a XVII. század végéig tartó időszakot öleli át. A XIII. század elejéről származó vörös márvány sírkövet az egykori székesfehérvári királyi bazilika déli oldalán találták meg és 1906-ban került a Nemzeti Múzeumba. Egyszerű kivitelű felirata egy, a középkorban Európa-szerte elterjedt sírvers korai változata ("... vagyok, ami leszel, ami vagy, voltam magam is, kérlek, imádkozz értem"). A vidéki nemes sírkövétől Szilágyi Erzsébet munkácsi várnagyának síremlékén keresztül Frangepán János horvát bán sírkőtöredékéig terjed a nemesi-főúri kövek köre. A Szakolcáról származó, páncélos alakkal díszített kő a magyar késő középkori síremlékszobrászat jellegzetes fajtáját, a vitézi sírkő típusát jeleníti meg a kiállításban. A városi polgárok sírkövei stílusukat, kő-faragástechnikai színvonalukat tekintve azonosak a nemesség sírköveivel, készítőik is ugyanazok a mesterek voltak. A kövek felirata a városi polgárok származási helyéről tanúskodik: milánói, velencei, boroszlói, regensburgi, sőt spanyolországi származásról is olvashatunk a köveken.