Halála nem volt váratlan. Oscar Romero érsek ellenállása El Salvador kifosztásával szemben, valamint a "halálbrigádok" terrorcselekményeit elítélő nyilatkozatai miatt élete rendkívül sebezhetővé vált. 1980. március 24-én merénylet áldozata lett, miközben temetési misét celebrált San Salvador katedrálisában. Meggyilkolása Latin-Amerika történelmének egyik legvéresebb polgárháborúját robbantotta ki, amely több mint 70 000 áldozatot szedett. Az érsek politikai őszintesége kényelmetlen volt a Vatikán számára, és ugyancsak irritálta az Egyesült Államokat, amely erősen támogatta El Salvador antikommunista rezsimjét. Bár az Oscar Romero érseket meggyilkolók nevei ismertek, törvény elé állításukat a mindenkori hatalom folyamatosan meghiúsítja.