1944-ben őt és Adolfas nevű testvérét a nácik az elmshorni kényszermunkatáborba hurcolják. A háború után Mekas a Mainzi Egyetemen filozófia tanulmányokat folytat, majd 1949 végén az ENSZ Menekültügyi Bizottsága segítségével, testvérével együtt New Yorkban telepedik le. Két héttel New Yorkba érkezése után kölcsönpénzből megvásárolja első Bolex kameráját és megkezdi filmre venni élete főbb eseményeit. Hamarosan elköteleződik az amerikai avantgárd film mozgalom mellett és annak egyik fő alakjává válik. 1954-ben öccsével megalapítják a Film Culture magazint, amelyik hamarosan a filmes szakma legfontosabb szakmai fórumává válik az Egyesült Államokban. 1958-ban elindítja a Village Voice-ban a legendás Movie Journal rovatot. 1962-ben megalapította a Filmkészítők Szövetségét (Film-Makers’ Cooperative), majd 1964-ben a Filmkészítők Filmszínházát (Film-Makers’ Cinematheque), amelyből végül az Anthology Film Archives nőtt ki, a világ egyik legnagyobb és legfontosabb avantgárd mozi tárháza és vetítési helyszíne. Ezidő alatt Mekas folytatja irodalmi tevékenységét és forgatja filmjeit. Máig több mint húsz könyvet adott ki prózáival és költeményeivel, ezeket tizenkét nyelvre fordították le. Litván nyelvű költeményei részei váltak a litván irodalmi kánonnak, filmjei megtalálhatók a világ vezető kortárs múzeumainak gyűjteményeiben. Sokan neki tulajdonítják a filmes napló, mint új műfaj megteremtését. Mekas aktív az oktatás területén is, tanított a New School for Social Research-ön, az International Center for Photography-n, a Cooper Union-on, a New York University-n és az MIT-n. Mekas leghíresebb filmjei: The Brig — ez a Velencei Filmfesztivál nagydíját nyerte el 1963-ban, Walden (1969), Reminiscences of a Journey to Lithuania (1972), Lost Lost Lost (1975), Scenes from the Life of Andy Warhol (1990), Scenes from the Life of George Maciunas (1992) és As I was Moving Ahead I saw Brief Glimpses of Beauty (2000). 2007-ben a 365 napos projekt című filmnaplóját forgatja le és teszi közzé napról napra az interneten. Mekas figyelme 2000 óta a filminstallációk felé fordult. Ilyen jellegű munkáit a párizsi Városi Modern Művészeti Múzeumban, a stockholmi Moderna Museetben, a PS1 Kortárs Művészeti Központban, a kasseli Documentán, a kölni Ludwig Múzeumban és a Velencei Biennálén állította ki. 2007-ben nyílt meg Vilniusban a Jonas Mekas Vizuális Művészetek Központja