A Keresztapa egyik korai jelenetében, amikor Vito Corleone hazaérkezik, és barátai és rokonai felviszik a lépcsőn, Marlon Brando súlyokat rejtett el a ruhájában, hogy nehezebb legyen, és így viccelte meg a többieket. Brando úgy képzelte el az általa játszott Don Corleonét, mint egy bulldogot, ezért a próbafelvételen vattával tömte ki az arcát – a forgatásra már egy külön „arctömést" készített neki egy fogorvos, amit ma az Amerikai Mozgókép Múzeumában bárki megtekinthet a New York-i Queensben. Brando szokás szerint a szövege zömét nem magolta be, így ügyesen elrejtett cetlikről olvasott fel, rekedt hangját pedig egy igazi maffiózóról, Frank Costellóról mintázta, akinek a tárgyalását a tévé közvetítette. 

Abban a jelenetben, ahol Sonny összeveri Carlót (Connie férjét) 700 statiszta szerepelt, és négy napba telt a felvétele. A fém kuka tetejének unorthodox használata nem szerepelt a forgatókönyvben, hanem James Caan improvizálta. 

James Caan máskor is rögtönzött: abban a részben, ahol az FBI fotósát a földre hajítja, és a rémült statiszta reakciója abszolút életszerű, de Caan ötlete volt az is, hogy egy marék pénzt dob oda a fickónak az összetört kameráért cserébe. Később így emlékezett vissza a jelenetre: „Ahonnan én jövök, ha összetörtél valamit, akkor vagy vettél egy újat vagy kifizetted az árát a tulajdonosnak." 

Al Pacino állítólag megsértődött, és bojkottálta az Oscar-gálát, amikor megtudta, hogy csak a legjobb mellékszereplő kategóriában jelölték, noha többet látjuk a képernyőn, mint a legjobb főszereplő kategóriában jelölt színésztársát a filmből, Marlon Brandót. Brando természetesen nyert, és mint tudjuk, ő maga is bojkottálta a gálát, de nem sértődöttségből, hanem mert az őslakos indiánok ügyére szerette volna felhívni a figyelmet. Maga helyett egy indián lányt küldött, aki felolvasta üzenetét, de a díjat nem vette át később sem.  

Rengeteg feszültség volt a forgatás előtt és alatt Francis Ford Coppola és a megrendelő stúdió, a Paramount között, akik rendszeresen próbálták kitúrni a rendezőt, azt híresztelve, hogy képtelen betartani a forgatási menetrendet és rendre túllépi a költségvetési keretet, számos egyéb hibát vétve. Coppola egyébként még a határidő lejárta előtt végzett a forgatással, és nem lépte túl pénzügyi keretét. 

A nyitójelenetben szereplő kóbor macskát Marlon Brando találta valahol a Paramount egyik stúdiójának udvarában, és megtetszett neki, bár az állat nem szerepelt a forgatókönyvben. A macska annyira jól érezte magát az őt simogató Brando ölében, hogy dorombolása helyenként elnyomta a színész hangját, így a jelenetet utószinkronizálni kellett. 

Ebben a filmben mindenki szeretett improvizálni: a pofon, amit Vito ad Johnny Fontane-nek, nem szerepelt a forgatókönyvben, hanem Marlon Brando hirtelen ötlete volt, és ennek megfelelően Al Martino zavart reakciója is abszolút igazi volt. Ahogy később James Caan visszaemlékezett: „Martino azt sem tudta, sírjon vagy nevessen." 

A film vezető operatőre, Gordon Willis ragaszkodott hozzá, hogy minden jelenetet egy adott nézőpontból vegyenek fel, rendszerint egy adott szereplőt képviselve, és ez rendszerint azt jelentette, hogy a kamera úgy másfél méter magasságban helyezkedett el. Coppola csak egy jelenetre tudta rábeszélni, amit a kamera felülről mutat, amikor Don Vito Corleonét lelövik, mivel ez a nézőpont „istent képviseli”. Willis egyébként kiérdemelte a forgatás alatt a Sötétség hercege gúnynevet, mivel nagyon kevés világítást használt, és a Paramount vezetői utálták a felvételeit, mondván, túl sötétek. Willis és Coppola azzal védekeztek, hogy a sötét képek a Corleone klán üzelmeinek sötét oldalát hivatottak érzékeltetni. 

Al Pacino nagyszülei anyai ágon Szicíliából érkeztek Amerikába, egész pontosan Corleonéból, akárcsak Vito Corleone. 

A rendezésre eredetileg Sergio Leonét kérték fel, aki úgy érezte, hogy a történet egyrészt túlságosan jó fényben tünteti fel a maffiát, másrészt nem elég érdekes. Az olasz rendező állítólag később megbánta ezt a döntését, és maga is elkészítette a saját korszakalkotó gengszterfilmjét, a Volt egyszer egy Amerikát (1984). 

Francis Ford Coppola szerint a Don Corleone megszólítás valójában helytelen, legalábbis Olaszországban az lenne. Ott, ha valakit a Don előtaggal szólítanak meg, akkor utána a keresztnevet használják, így a Don Vito lenne a helyes verzió. Coppola azt nyilatkozta, hogy mivel a regényt író Mario Puzo nem beszélt olaszul, egyszerűen csak egymás mellé biggyesztette a Dont és az illető családi nevét, de ettől függetlenül a Don Corleone megszólítás mára így is a popkultúra részévé vált. 

Mario Puzo azt állítja, hogy Johnny Fontane karakterét NEM Frank Sinatráról mintázta – bár mindenki más az ellenkezőjét mondja -, Sinatra azonban iszonyú dühös volt rá, és amikor egy étteremben összefutottak, mindennek elmondta, és halálosan megfenyegette, és máshol is hevesen tiltakozott a film elkészülte ellen. Nyilván ennek is köszönhető, hogy Fontane szerepét az eredetihez képest szinte minimálisra vették vissza, és csak pár jelenetben láthatjuk. 

Orson Welles sokáig lobbizott, hogy ő kapja meg Don Vito Corleone szerepét A keresztapában, és még azt is felajánlotta, hogy hajlandó nagyon sokat fogyni. Bár Francis Ford Coppola nagy rajongója volt Wellesnek, kénytelen volt nemet mondani neki, mert már eldöntette, hogy Marlon Brandót fogja felkérni, és nem érezte azt, hogy Welles ideális lenne a szerepre.