Az orvostörténeti kiállítás a múzeum egyik legvonzóbb és legérdekesebb része. Érthető, hiszen az Alapító hivatásától indíttatva különös gonddal és érdeklődéssel gyűjtötte az orvoslás és a gyógyászat múltjáról szóló emlékeket. Az orvostudomány fejlődését gazdag anyag szemlélteti a római kortól egészen századunkig.

A római kori koponya, az orvosi műszerek, tűk, kanalak, figurális csonttégelyek és a többrekeszes fémládika után a későbbi századok orvosi és gyógyszerészeti emlékei sorakoznak: patikai edények, mozsarak, mérlegek, súlyok és egyéb felszerelési tárgyak a XVIII-XIX. századból. A Házi- és zsebpatikák kicsi üvegeiben apró gyógyszereket tartottak, melyek utazás alkalmával kis helyen is elfértek.

Az orvoslás mesterségéről szóló különböző könyvek - Pápai Páriz Ferenc: Pax corporis-a a XVII. század végéről, Miskoltzy Ferenc: Manuale chirurgicum-ja (1742), Torkos Justus: Taxa-ja (1745) és Nedeliczi Váli Mihály: Házi orvos szótárotská-ja (1797) - mind megtekinthetők a kiállításon.

A dokumentumok közül fontos kiemelnünk az első mozgóröntgen készítőjének, dr. Gergő Imre sebész orvosalezredes találmányának leírását és fotóját, valamint a Markusowszky Lajos által alapított, elméleti és gyakorlati kérdésekkel foglalkozó folyóirat, az Orvosi Hetilap első példányát 1857-ből.

Az orvostörténeti kiállítás egyik kiemelkedő darabja az az egyetemi leckekönyv, melyben Semmelweis Ignác, a gyermekágyi láz kórokozójának felfedezője saját kezű aláírását hagyta az utókorra. Érdekes - irodalmi vontakozású - orvostörténeti emlék Dr. Dollinger Gyula professzor levele, melyben Vörösmartyné Csajághy Laura halálát közli 1882-ben.

A kiállítás kiterjed az orvosi viselettörténetre is. Megtekinthetjük az I. világháborús katonaorvosok egyenruháit: dr. Pető Ernő ezredorvos uniformisát és dr. Pajor Henrik ezredorvos csukaszürke tábori zubbonyát. Mellettük Kourin Gizella önkéntes ápolónő egyenruhája látható. A tábori ágyon fekszik nyitott emlékkönyve, melybe az általa ápolt betegek, sebesültek jegyezték be hálálkodó soraikat.