Istók története a felvilágosodás kori Magyarországon játszódik, abban az időszakban, mikor a 18. század nyugati eszmeáramlatok már hazánkban is fontos filozófiai és erkölcsi szemléletváltást eredményeztek. A Hanság mocsaraiban éldegél a láp halaival együtt a 8-10 éves fiúcska, aki otthon érzi magát a vadonban, akár Maugli, ő is halászik-vadászik. Egy nap a halászok kifogják és beviszik a kapuvári várba, ahol fogva tartják, bántalmazzák, szinte állatként kezelve a fiút. Egyedül a kapitány lánya közeledik hozzá kedvesen, így próbálja megszelídíteni Istókot. Az idő múlásával a fiú elhagyja a tömlöcöt, saját kuckót kap, majd megkeresztelik, és egyre jobban beilleszkedik a vár hétköznapjaiba is. A lánynak kérője akad, sor kerül a menyegzőre is, ahol Istók egy tálnyi csúszó-mászó finom falatot ajándékoz az ifjú párnak. Az állatok szerteszét rebbenve óriási felfordulást okoznak, amitől ő újra ?otthon? érzi magát, de boldogágának ismét az erőszak vet véget. Elmenekül a fiú és a várárok tavába ugrik, visszaúszik a lápba, ahol ismét az ?övéi? fogadják. Soha többé nem látja senki.
A film a XVIII. század derekán megtörtént eseményeken és az azóta fennmaradt legendán alapul.