Járvány pusztította el a Föld népességének kilencvenkilenc százalékát 1997-ben.
Majd negyven évvel később a túlélőkre is pusztulás vár a föld alatti világban. Csak akkor maradhatnak életben, ha sikerül információt szerezniük a gyilkos vírusról.

James Cole-ra vár a feladat, hogy az időben visszautazva, megtudj aazt. A számításba azonban hiba csúszik, Cole 1996 helyett 1990-be érkezik, és elmegyógyintézetbe zárják. Így pedig aligha sikerül teljesíteni a küldetését, és megfejteni a 12 Majom Hadseregének rejtélyét. Csupán a pszichológus: Kathryn Railly próbálja megérteni a férfit.