Az Akagi doktor a második világháborút követően egy japán faluban játszódik. Akagi urat a környéken Máj doktornak hívják, mert minden idejét a sárgaság elleni küzdelemmel tölti el, amely tizedeli a népességet. Szomszédjai fura alaknak tartják, aki a saját világában él. Legjobb barátai: egy prostituált, egy alkoholista szerzetes és egy morfin függő sebész. A doktor egy nap befogad egy holland hadifoglyot, aki egy japán börtönből szökött meg. Világossá válik, hogy az ország elveszti a háborút, az állami apparátus pedig áldozati bárányokat kezd el keresni.