Egy év telt azóta, hogy a Bakugan Szörnybunyósok legyőzték a Tizenkettek rendjét és Barodius császárt.
Neathiába és Gundaliába visszatért a rend és a béke.
Dan és a Szörnybunyósok nem kisebb erőpróbára készülnek, mint hogy a Nagy Bakugan Bajnokságon bebizonyítsák, ők a legjobb harcosok. De Dan és Drago nem tudjáka legfontosabbat: a neathia-i csatában olyan hatalommal kerülnek szemben, amelynek irányítása meghaladja az erejüket. Ez az erő a Mechtogan.
Dan-nak, Maruchonak és Shun-nak egyesült erővel kell fellépnie az új veszélyes ellenséggel szemben, amely a sötét Bakugan erőkkel tör az univerzumra.