A múzeumban jelenleg az "Esztergom a középkorban" című, 2001-ben megnyílt millenniumi kiállítás látható, amely az Árpád-kori királyi székhelyet (vár- és város), és főleg az ország gazdasági és politikai életében egyaránt fontos szerepet játszó középkori várost mutatja be. Kevesen tudják, hogy a mai településnél jóval nagyobb kiterjedésű régi Esztergomban mennyi jelentős épület és intézmény állt a török háborúk előtt! Egykorú források 38 templomról, 11 kolostorról és sok polgári épületről (városháza, árúcsarnok, pénzverő kamara, lakóházak, stb.) tesznek említést, melyek közül eddig 21 templom és lakóházak maradványai ismeretesek. A kiállítás az elpusztult épületek feltárásából származó régészeti leletek, művészeti emlékek, dokumentumok segítségével mutatja be egyik legjelentősebb középkori városunk nagyságát.