A Balaton Régió Magyarország természeti értékekben különösen gazdag tájegysége.
A Balaton Régió levegőtisztaság szempontjából előnyt élvez az ország más tájegységeihez képest, ugyanis kevés szennyező ipari üzemet lehet találni a tó vízgyűjtő területén, valamint erdősültsége meghaladja az országos átlagot. Légszennyezési problémák – néhány ipari létesítményen kívül – főként a közlekedési kibocsátásokból és a lakossági fűtésből adódnak. Problémás területek jellemzően túlterhelt vonalas létesítmények mentén fordulnak elő.
A Balaton környezetének idegenforgalmi szempontból legvonzóbb tényezője a víz. Ez a tó vízkészlete mellett magába foglalja a termálvizet is, amelyre az egészségturizmus jelentős része épül. A sekély, kis vízgyűjtő területtel rendelkező Balaton, illetve a fedetlen karsztterületek felszín alatti vizei rendkívül érzékenyek a környezeti hatásokra. Ez a turizmus, illetve az egészséges ivóvízellátás szempontjából egyaránt fontos.
Az utóbbi évtizedet tekintve javult a tó vízminősége, ami részben az ezt szolgáló intézkedéseknek, részben az időjárási viszonyoknak köszönhető. Kisebb vízminőségi problémák általában minden évben jelentkeznek bizonyos helyeken, de a teljes víztömeget tekintve ez nem jelentős.
Változatos domborzat jellemzi a BKÜ-t, ami nagyban meghatározza a földhasználatot. A 180 település alkotta egység területén előfordulnak jó minőségű szántóterületek, szőlő- és gyümölcsültetvények egyaránt. Az állattenyésztés mértékének csökkenésével a legelők száma csökkent, az elgyomosodó gyepek terjedése kedvezőtlen folyamat. Az erdőterületek magas aránya talajvédelmi szempontból is kedvező, főleg a sekély termőtalajú dolomit alapkőzetű hegységekben.
Ökológiai szempontból a Balaton környezete rendkívül sokféle. Számos védett növény és állatfajnak nyújt élőhelyet. Változatos domborzatának és földtani felépítésének köszönhetően növényvilága rendkívül változatos.
Nagy kiterjedésű területek állnak a Balaton-felvidéki Nemzeti Park védelme alatt, de találhatók itt a Natura 2000-hez tartozó, illetve Ramsari Egyezmény alá vont területek is. Tájesztétikai szempontból szintén értékes területeket lehet találni a régióban, kiemelkednek ebben a vulkáni eredetű tanúhegyek, illetve a karsztos területek jellegzetes domborzati- és kőzetformáikkal.
